計算機軟件的程序代碼為機器語言，由于不能為人們直接讀取與理解，所以計算機軟件的程序代碼本身是不能申請zhuanli的，需要將其轉換為自然語言。在計算機軟件開發的過程中，通常需要首先確定該軟件的流程圖，而流程圖往往是以步驟性表述呈現的。例如，第一步，接收X信號；第二步，對X信號進行處理，生成Y信號；第三步……。因此，在對計算機軟件進行zhuanli挖掘時，軟件開發企業可將類似上述的流程圖及相應文字性說明材料提供給合作的zhuanli代理機構。

zhuanli申請代理機構會基于上述材料撰寫完成包括流程步驟形式的軟件方法保護范圍，即，方法權利要求的zhuanli申請文件。這樣不僅可以保護以C語言編寫的該計算機程序，也能保護以Java語言和其他任何計算機語言所編寫的具有相同邏輯思想的軟件，使軟件開發者的保護權益最大化。

作為zhuanli代理機構，在處理基于計算機軟件的發明zhuanli申請時，需要考慮到日后的侵權與維權問題。雖然zhuanli權在一定程度上比軟件著作權更易維權，但作為方法類的zhuanli，如果僅對方法本身進行保護，由于方法的虛擬性，在調查取證的過程中，依然會存在很多困難，不利于zhuanli權人進行維權。

因此，從zhuanli保護的全面性與維權取證的便利性角度出發，在一個基于計算機程序的發明zhuanli申請中，應該至少包括方法權利要求和實體裝置權利要求，以分別保護例如具有特定思想的非實體的軟件，以及安裝有上述軟件的實體的手機等裝置。可選地，還應包括虛擬裝置權利要求和存儲介質權利要求等。

企業也可以從上述幾個方面評價zhuanli代理機構的專業程度，以選擇最合適的zhuanli代理機構進行合作。

綜上所述，企業在尋求對所開發的計算機軟件進行知識產權保護時，可以根據軟件創新點所在以及維權需求等因素進行計算機軟件著作權、外觀設計zhuanli和發明zhuanli等方面的保護，在尋找合作的zhuanli代理機構時，可以根據其專業程度以及其他商業因素對其進行評估。